TMMOB tarafından açılan davanın dilekçesinde; “Munzur Gözelerinin Erzurum Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu`nun 17/07/2003 tarih ve 1409 sayılı kararı ile 1. Derece Doğal Sit Alanı olarak tescil edildiği, bu tescil ile Munzur Gözelerinin, kamu yararı açısından mutlaka korunması gerekli olan, korumaya yönelik bilimsel çalışmalar dışında kamu yararı açısından mutlaka korunması gereken alan niteliği kazandığı, 40 civarında su kaynağından oluşan Munzur Gözelerinin, Tunceli’nin Ovacık ilçesinde yer aldığı ve Munzur Çayı’nı oluşturmakta olduğu, bu sebeple 1971 yılında Milli Park ilan edilen Munzur Vadisi’nin kaynağı niteliğinde bir akarsu yatağı olduğu, alanın aynı zamanda yöre halkının inanç dünyasında da önemli bir yere sahip olduğu, yöre halkının hassasiyeti de göz önüne alınarak minimum müdahale ilkesiyle düzenlenmesi ve korunmasına ilişkin tedbirler alınması gerekirken tahribata uğramasına neden olacak faaliyetlerin yürütülebileceği nitelikli doğal koruma alanı olarak tescil edildiği, Munzur Gözelerinde yaşanacak tahribatın yalnız bu alanı değil etkileşim alanında bulunan Munzur Çayı, Munzur Vadisi Milli Parkı ve bünyesinde bulunan fauna ve flora varlığını da zincirleme şekilde etkileyeceği, belirtilen hususlar karşısında özellikleri ve yapısı gereği hassas olmakla birlikte gerek çevresel gerekse de kültürel bakımından şimdiki ve gelecek kuşaklar açısından korunması zorunlu bir alan olması itibariyle Munzur Gözelerini içeren alanın "kesin korunacak hassas alan" olarak tescil edilmesi ve alana her türlü müdahalenin önlenmesi gerektiği” ifade edilmişti.

Yine dava dilekçesinde; Munzur Gözelerinin niteliksel özellikleri göz önünde bulundurulduğunda bilimsel ve teknik ilkeler ile koruma ilke ve esasları bakımından kesin korunacak alan niteliği taşıdığı, Yönetmelikte yer alan kesin korunacak hassas alan özelliklerini de taşımasına rağmen Bakanlık tarafından söz konusu alanın farklı bir statüye sokulduğu, nitelikli doğal koruma alanı ilan edilerek bu alanda yapılaşmanın önünün açıldığına değinilmişti.

Erzincan İdare Mahkemesi tarafından uyuşmazlığın çözümü için keşif ve bilirkişi incelemesi yapılmasına karar verilmiş ve hazırlanan bilirkişi raporunda Munzur Gözeleriyle ilgili; “Gerek flora ve fauna unsurları ve ekolojik yapısı gerekse de inanç merkezi olması itibariyle Munzur Gözeleri yüksek peyzaj ve sosyokültürel değere sahiptir ve bu değerleri açısından şimdiki ve gelecek kuşaklar açısından kesin korunması gerekli bir alan niteliği taşımaktadır. Koruma statüsü değiştirilen alanda insan faaliyetlerinin kontrolsüz biçimde artmasına neden olacak mesire yeri / piknik alanı gibi rekreasyonel tesis ve kullanımlara yönelik uygulamalar gerçekleştirildiği tespit edilmiştir. Korunması gereken alanları yapılaşmaya açan, doğal dengesinin ve korunması gerekli niteliklerinin bozulmasına ve tahribata uğramasına neden olan; koruma-kullanma dengesine aykırı olan bu tür uygulamalar alanda yoğun bir peyzaj tahribatına ve kirliliğe neden olarak Munzur Gözeleri`nin genel peyzajına ve ekosisteme önemli şekilde zarar vermektedir… Bu nedenle alanın koruma statüsünü değiştiren kararın iptal edilerek “Kesin Korunacak Hassas Alanlar” kapsamına alınması yürürlükteki koruma mevzuatı ve kamu yararı açısından uygun olacağı değerlendirilmektedir.” tespitine yer verilmişti.

Daha sonra alanın bir kısmının Cumhurbaşkanı Kararıyla kesin korunacak hassas alan ilan edilmesi üzerine Mahkemece ek bilirkişi raporu hazırlatılmış, ve hazırlanan ek bilirkişi raporunda da “Kesin Korunacak Hassas Alan olarak tanımlanan yerlerin, taşıdığı peyzaj, jeomorfolojik ve biyolojik özellikleri açısından kesin koruma ölçütlerini karşılayacak nitelikte doğru ve yerinde olduğu; ancak bu alana daha önce 17.07.2003 tarih ve 1409 sayılı karar ile 1. Derece Doğal Sit Alanı olarak tescil edilen bölümün de dahil edilmesiyle Kesin Korunacak Hassas alan olarak tanımlanmasının uygun olduğu,” değerlendirmesinde bulunulmuş ve daha önce 1. Derce Doğal Sit Alanı ilan edilen Munzur Gözelerinin tamamının kesin korunacak hassas alan niteliği taşıdığı değerlendirmesinde bulunulmuştu.

Bilirkişi raporu ve ek bilirkişi raporunda yer alan tespitlerden hareketle karar veren Erzincan İdare Mahkemesi, daha sonra Cumhurbaşkanı Kararıyla “kesin korunacak hassas alan” ilan edilen kısım hakkında karar verilmesine yer olmadığı kararı verirken, “nitelikli doğal koruma alanı” statüsü taşıyan kısımla ilgili; “Uyuşmazlıkta, Munzur Gözelerinin bulunduğu alanın peyzaj, jeomorfolojik, hidrojeolojik ve biyolojik çeşitlilik özellikleri açısından Kesin Korunacak Hassas Alan ölçütlerini karşılayacak nitelikte olduğu, korumaya yönelik bilimsel çalışmalar dışında aynen korunacak alanlar statüsünde olan ve kamu yararı açısından mutlak olarak korunması gereken bu alanın Nitelikli Doğal Koruma Alanı statüsünü devam ettirmesi halinde bir takım insan faaliyetlerine açılmasına, dolayısıyla koruma-kullanma dengesinin bozulmasına sebebiyet verileceği, Munzur Gözelerinin "Nitelikli Doğal Koruma Alanı" olarak tescil edilen bu kısmının da daha yüksek bir koruma statüsüne geçirilmesi gerektiği yukarıda aktarılan bilirkişi raporları ile açıkça ortaya konulduğundan, "Kesin Korunacak Hassas Alan" dışında bırakılan Munzur Gözelerinin diğer kısmının "Doğal Sit - Nitelikli Doğal Koruma Alanı" olarak tescil edilmesine ilişkin dava konusu işlemin bu kısmında hukuka uyarlık bulunmadığı sonucuna ulaşılmıştır.” değerlendirmesinde bulunarak iptal kararı verdi.